工程物流的運輸主要采用鐵路、公路、水運和航空等四種運輸方式。一般而言，只要有可能，對于遠距離的運輸盡量鐵路和水路，近距離則采用公路，時間緊急的考慮選擇空運，這是由于各種運輸方式的特點決定的。
(一)公路運輸
公路運輸能夠承運各種特大件、特重件、特長件和超高超寬件，一般三級公路就可滿足重件車隊的通行要求。公路運行機動靈活、便于指揮，可以實行全程現場監控，有問題隨時增援，能實行“門到門”的服務，但大件運輸由于車組的輪密、軸多、軸負荷較大，同時因大型平板車運行速度極慢(一般為3～5km/h)，嚴重影響沿線交通的正常秩序；當重量超過公路和橋梁的設計承載力時，還要進行加固處理，更加劇了交通堵塞，因此，只有短途運輸或小規模物資才考慮采用公路運輸。
(二)鐵路運輸
鐵路因是專用線路，所以是最為安全、順暢的運輸方式，主要優點是不受氣候影響，可深入內陸實現貨物長距離的準時運輸。但是受鐵路的建筑界限、橋梁負荷和車輛等級限制，對貨物的尺寸有嚴格的要求。另外，由于鐵路的專用性，難以實現“門到門”的服務，一般還需要汽車倒載完成全程運輸。
(三)水路運輸
與陸上運輸相比，水路運輸不僅對重大件的重量、尺寸限制最少，并且經濟。目前，國內、國際超大件的運輸基本上采用水路運輸。
(四)多式聯運
多式聯運是在集裝箱運輸的基礎上產生和發展起來的，是貨物運輸的一種較高組織形式。
